A történet:

12 évvel ezelőtt a Kilenc-farkú Rókadémon (Kyuubi) tartotta rettegésben a Konohagakure falut. A démon olyan erős volt, hogy farkának egyetlen suhintásával hegyeket tudott eltüntetni vagy szökőárokat tudott előidézni. A szörny rengeteg ember mészárolt le, azonban a Negyedik Hokagenak, saját életét feláldozva, sikerült elzárnia őt egy újszülött fiú testébe. Ez a fiú Naruto Uzumaki volt. Származása jelenleg még nem ismert.

A Negyedik Hokagét (Yondaime Hokage) hősként ünnepelték a Kyuubi, a rókadémon elzárásáért. Ő azt szerette volna, hogy Naruto is abban a megtiszteltetésben nőjön fel, mint a kilenc farkú „tárolója”. Azonban a falú lakói magát a démont látták a fiúban, ezért féltek tőle és kiközösítették.

Bár a harmadik Hokage megtiltotta a falu lakóinak, hogy beszéljenek arról, amit tudnak. Még a saját gyerekeiknek sem mondhatták el a 12 évvel ezelőtt történteket. Azonban szüleik Naruto felé tanusított viselkedésükből a gyerekek is elkezdtek ellenségesen viselkedni a fiúval. Naruto így barátok, család és elismerés nélkül nőtt fel. Nem erőltethette azt, hogy az emberek barátkozannak vele, így máskép kellett magát észrevetettni. Ezt csínytevésekkel próbálta elérni. Ez azonban megváltozott, amikor hivatalosan is nindzsa lett. Ezt a többszörös árnyékklón technika (Multiple Shadow Clone Technique vagy Kage Bunshin no Jutsu) alkalmazásával érte el, amikor megmentette mesterét, Umino Irukat az áruló nindzsa Mizuki karmaiből. Ez a kaland két dologra ébresztette rá Narutot: az egyik, hogy benne lakozik a kilenc farkú rókadémon; a másik pedig, hogy volt aki törődött vele (Iruka és a Harmadik Hokage). Naruto nindzsává válása indítja el az események folyamát.

A történet folyamán a cselekmény egyre dramatikusabbá válik. Uchiha Sasuke Naruto legjobb barátja. Nagy döntés elé kerül: élje le életét barátaival együtt békésen, jól, vagy éljen a bosszúnak. Az utóbbit választja. Ehhez tudnunk kell, hogy Sasuke-nak szörnyű előélete volt: testvére megölte az egész klánjukat (szüleit is) csak, mert tesztelni akarta az erejét. Egyedül Sasuke-t hagyta életben. De nem könyörületből. Azt akarja, hogy ő is váljon olyan erőssé mint ő, és később harcoljanak. A titok, hogy olyan erőssé váljon mint testvére az, hogy megölje a legjobb barátját és ezáltal megszerez egy olyan tiltott Sharingan képességet melyet csak az Uchiha klán tagjai szerezhetnek meg. Később Sasuke megpróbálja megölni Narutot a képességért, de nem sikerül neki, és azzal az érvvel, hogy nem a testvére által jelölt úton akarja megszerezni. Ekkor úgy dönt elmegy Orochimaruhoz aki a történetben az egyik fő ellenség (egyike a Harmadik Hokage tanítványainak, azaz sannin rangot visel, mint Jiraija, és Cunade), hogy erőt kapjon tőle, és edze őt. Ezután a rész után a tévés sorozatban még kb. 100 része jön a sorozatnak,amiben Naruto és társai Sasuke nyomait keresi miközben teljesen más küldetésekre is küldi az Ötödik Hokage. Az eredeti mangában úgy folytatódik a történet, hogy Naruto elmegy Jiraiya-val edzeni 2 évre.